Problemy lotu 5055 do Nowego Jorku zaczęły się w 23 minucie lotu w okolicy Grudziądza na wysokości 8200 metrów. To wtedy załoga i pasażerowie poczuli silne uderzenie w tylnej części kadłuba. Pierwsze podejrzenia załogi dotyczyły ewentualnego zderzenia z jedną z maszyn wojskowych, które w tym czasie odbywały manewry niedaleko trasy przelotu Iła-62. Faktycznym powodem wstrząsu było jednak rozerwanie turbiny niskiego ciśnienia silnika nr 2, które nastąpiło wskutek urwania się wału tej turbiny i w konsekwencji doprowadziło do zniszczenie silnika. Pociągnęło to za sobą szereg kolejnych uszkodzeń (m. in. przecięcie drążków steru wysokości, awarię trzech z czterech prądnic, awarię sąsiedniego silnika nr 1, dehermetyzację kabiny, czy pożar w bagażniku nr 4).
Jak w przypadku większości katastrof lotniczych, również w tej o tragedii nie zdecydował tylko jeden czynnik. Załoga rozważała lądowanie na bliższym niż Okęcie lotnisku wojskowym w Modlinie, ale z racji braku informacji meteorologicznych oraz przeciągającego się oczekiwania na zgodę wojska na lądowanie, kapitan podjął decyzję o powrocie do Warszawy. Najlepszym rozwiązaniem wydawało się lądowanie na pasie 11 lub 15, które znajdowały się niemal idealnie w osi lotu Iła, jednak ze względu na kierunek wiatru posadzenie maszyny akurat na tych pasach było dodatkowym zagrożeniem. Załoga zdecydowała się więc okrążyć lotnisko i podejść od strony Piaseczna na pas 33. Podczas wykonywania ostatniego zakrętu przestał działać trymer, którym piloci w trybie awaryjnym regulowali wysokość.
Samolot rozbił się w Lesie Kabackim o godzinie 11:12. Do progu pasa zabrakło 5 km, czyli ok. 40 sekund lotu.
Agnieszka Srokosz, która wtedy mieszkała na Ursynowie, wspomina tamten dzień:
„Pamiętam huk i ogromne kłęby dymu. Razem z koleżanką wsiadłyśmy na rowery i pojechałyśmy w kierunku lasu. Na górce przy Rosoła ludzie stali z lornetkami i patrzyli w kierunku Kabat. Gdy już dojechałyśmy do lasu, towarzyszył nam tłum ludzi. Wszyscy z okolicy biegli zobaczyć co się stało. Kiedy zbliżałyśmy się do miejsca katastrofy, widziałyśmy poucinane czubki drzew, na których wisiały jakieś części. Fragmenty samolotu porozrzucane były również dookoła. Dalej już nie mogłyśmy wjechać, teren był zagrodzony przez różne służby, straż pożarną. Nie wpuszczali. Pamiętam też, że nasz nauczyciel w szkole w Pyrach mówił później, że jeszcze jakiś czas po katastrofie znajdował różne części samolotu i inne fragmenty pochodzące z wnętrza.
Pomimo bardzo trudnej sytuacji, w jakiej znalazł się lot 5055, załoga do ostatnich chwil zachowała zimną krew i próbowała uratować pasażerów i maszynę. Do historii przeszły ostatnie słowa kapitana Zygmunta Pawlaczyka, jakie zostały zarejestrowane przez rejestrator pokładowy: Dobranoc! Do widzenia! Cześć! Giniemy!
Dzisiaj w miejscu katastrofy znajduje się krzyż i pamiątkowa tablica poświęcona jej ofiarom. Teren wokół porastają drzewa, które wyraźnie odstają wielkością od pozostałych. W ten sposób z łatwością można określić, gdzie dokładnie rozbił się samolot. Aleja prowadząca do tego punktu nosi nazwę Załogi Samolotu "Kościuszko".
Aby uczcić pamięć ofiar, w intencji tragicznie zmarłych załogi i pasażerów, 9 maja w Lesie Kabackim odbyła się polowa msza św. Wieniec pod pomnikiem ofiar złożyli przedstawiciele Rady Dzielnicy Ursynów oraz Zarządu Dzielnicy Ursynów.
