27 października Prezydent Warszawy został aresztowany przez Niemców i przewieziony na Pawiak. W prowadzonym dochodzeniu 2014 r. pion śledczy IPN ustalił, że Starzyński został zabity przez Gestapo między 21 a 23 grudnia 1939 r. Symboliczny grób Stefana Starzyńskiego znajduje się na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie.
W hołdzie Prezydentowi Stefanowi Starzyńskiemu, zasłużonemu obrońcy Warszawy podczas kampanii we wrześniu 1939 roku, przy tablicy znajdującej się naprzeciw domu, w którym mieszkał (ul. Dąbrowskiego 72) w imieniu mieszkańców i samorządu Mokotowa, kwiaty złożył burmistrz Rafał Miastowski, wiceburmistrzyni Anna Lasocka oraz wiceburmistrz Krzysztof Skolimowski.
