Mistrz Krajowy Konrad von Tierberg, 28 lutego 1286 r., nadał osadzie powstałej przy zamku prawo chełmińskie. Równolegle z miastem (Starym Miastem) „rósł” zamek, który w 1312 r. stał się jedną z siedzib wielkiego mistrza Zakonu, a od 1457 r. - główną. Po sąsiedzku, na wschód od Starego Miasta, w 1300 r. powstało Nowe Miasto, powszechnie nazywane Löbenicht (pol. Lipnik). 6 kwietnia 1327 r. wielki mistrz Werner von Orseln nadał osadzie na wyspie Knipaw prawo chełmińskie. W ten sposób nad Pregołą powstał zespół trzech średniowiecznych miast oraz zamek. Królewiec stał się nie tylko członkiem Hanzy, ale także ludnym i prężnym ośrodkiem gospodarczym i politycznym. Zamieszkała w nim ludność różnego pochodzenia, dosyć szybko ukształtowała swoją tożsamość i określiła swoje interesy gospodarcze i polityczne. Okazało się, że są one – ale także innych miast pruskich - sprzeczne z interesami Zakonu. Odpowiedzią był Związek Pruski utworzony 14 marca 1440 r. w Kwidzynie przez 7 wielkich miast, 12 mniejszych oraz 53 przedstawicieli rycerstwa. Tajna Rada Związku Pruskiego powstała w Toruniu w 1453 r. Rada w końcu 1454 r. podjęła uchwałę o poddaniu się Polsce, a 4 lutego 1454 r. – oficjalnie wypowiedziała posłuszeństwo Zakonowi. Delegacja Związku Pruskiego z Janem Bażyńskim na czele zwróciła się w Krakowie do króla Kazimierza Jagiellończyka o włączenie Pomorza Gdańskiego, ziemi chełmińskiej i całych Prus do Królestwa Polskiego. Król Kazimierz Jagiellończyk 6 marca 1454 r. wydał w Krakowie przywilej inkorporacyjny. Formalny akt poddania się Stanów Pruskich Królestwu Polskiemu wystawiono w Toruniu 15 kwietnia 1454 r. Król nadał miastom pruskim liczne przywileje i całkowitą swobodę w kwestiach samorządowych. Doprowadziło to do wojny pomiędzy Polską, a Zakonem.
W 1455 r. Krzyżacy zajęli większość miast w Prusach. Tylko Knipawa stawiła opór. Po trzech miesiącach oblężenia, miasto, rozżalone na polskiego króla, który nie przyszedł mu z pomocą, poddało się Krzyżakom (na honorowych warunkach). W związku z faktem, iż w czerwcu 1457 r. Malbork przeszedł w ręce Polaków, niebywale wzrosło znaczenie Królewca, do którego przeniósł się wielki mistrz. Na mocy zaprzysiężonego 19 października 1466 r. II pokoju toruńskiego, Królewiec znalazł się w Prusach Krzyżackich, a reszta zakonnych ziem w Prusach - w Prusach Królewskich. Zakon stał się lennikiem Polski, a wielcy mistrzowie zobowiązani byli do składania polskim monarchom przysięgi wierności (m.in. w Warszawie).
W latach 1519-1521 Zakon toczył kolejną wojnę z Polską, ale bez powodzenia. Wielki mistrz Albrecht Hohenzollern chcąc wyjść z matni zdecydował się na konflikt z Watykanem i przejście na luteranizm, przy jednoczesnym przekształceniu państwa zakonnego w świeckie księstwo pruskie. Konieczne było jednak porozumienie z Polską. Albrecht 8 kwietnia 1525 r. podpisał traktat pokojowy. 10 kwietnia 1525 r., jako świecki książę w Prusach (dux in Prussia), złożył Zygmuntowi Staremu w Krakowie hołd lenny. Prusy stały się dziedzicznym księstwem Hohenzollernów, którzy zobowiązani byli składać hołd polskim monarchom. Oznaczało to także zerwanie przez Prusy podległości wobec Watykanu i Świętego Cesarstwa Rzymskiego, ale także wobec Zakonu Szpitala Najświętszej Marii Panny Domu Niemieckiego, który nadal istniał i domagał się powrotu Prus Książęcych pod swoje panowanie. Bodajże ostatnim poważnym wystąpieniem Zakonu było domaganie się w 1772 r., tj. podczas I rozbioru Polski – udziału w podziale „łupów”, jako odszkodowania za decyzję Albrechta Hohenzollerna. Hołdy składane były w różnych miastach Polski, ale przynajmniej trzy z nich złożone były w Warszawie: 20 lutego 1578 r. i 16 listopada 1611 r. - przed kościołem św. Anny na Krakowskim Przedmieściu oraz 6 października 1641 r. na dziedzińcu Zamku Królewskiego, który był ostatnim hołdem pruskim.
Na przełomie XVI i XVII w., gdy nasze państwo przeżywało swój „złoty wiek”, siedziba władz zlokalizowana została w prowincjonalnej, mazowieckiej Warszawie. Maleńkie Stare Miasto (11 ha) nie odpowiadało ambicjom polsko-litewskich władców. Nie było miejsca, do wielkich uroczystości państwowych, np. hołdów lennych. Od czasów Batorego przyjął się więc zwyczaj przeprowadzania takich uroczystości na rozległym placu przed Bramą Krakowską, nazywanym placem Bernardyńskim, albo fretą Bernardyńską. Był i jest to rozszerzony fragment Krakowskiego Przedmieścia w okolicy kościoła św. Anny. Varsavianista dr Marek Ostrowski określił to miejsce, jako „Forum Wazów”, albowiem Wazowie, a szczególnie Władysław IV – świadomie dążyli do wykreowania takiego miejsca w stolicy, a początkiem realizacji planu była zapewne Kolumna Zygmunta (1644 r.).
Książę Albrecht, aby usprawnić funkcjonowanie państwa, w 1544 r. powołał w Królewcu uniwersytet (później: Albertus-Universität-Königsberg), który powstał na Knipawie, obok katedry. Na jego prośbę król Zygmunt August w 1560 r. obdarzył uczelnię tymi samymi przywilejami, jakie miała Akademia Krakowska. Ponadto doktorzy promowani na wydziale filozoficznym w Królewcu, otrzymali prawo do nobilitowania się w Polsce. Na uniwersytecie studiowało wielu Polaków. Byli wśród nich, m.in. Jan Kochanowski, Andrzej Frycz Modrzewski i syn Mikołaja Reja. Albrecht zatrudniał na uczelni wykładowców znających język polski, zapraszał na studia młodzież polską i litewską, publikował polskie książki (nie tylko religijne). Wykłady odbywały się po łacinie, m.in. ze względu na Polaków i Litwinów, z których większość znała ten język. (Dane faktograficzne za: Jasiński Janusz, Historia Królewca, „Książnica Polska”, Olsztyn 1994).
Prusy Wschodnie ze stolicą w Królewcu przedstawiane są w naszej historii, jako źródło wszelkich nieszczęść, które dotknęły Polskę. W znacznym stopniu ocena ta ma uzasadnienie, szczególnie po zastąpieniu Hohezollernów z linii ansbachskiej, przez elektorów z linii brandenburskiej, którzy wykorzystywali swoje bliskie i szczególne związki z cesarstwem. W tym czasie, rozszerzane przez kolejnych władców państwo prusko-brandenburskie było zlepkiem terytoriów od granic z Holandią po granicę z Litwą. Było natomiast państwem dobrze zorganizowanym i dobrze zarządzanym oraz posiadało liczne i dobrze wyszkolone wojsko.
Trzeba jednak pamiętać o epizodach w historii Prus, gdy łączyły nas poprawne relacje. Ostry antypolski kurs Prus Książęcych zaczął się w czasach Wielkiego Elektora, tj. Fryderyka Wilhelma (1620-1688) z linii brandenburskiej, który doprowadził do zrzucenia polskiego lenna (układ w Welawie 19 września 1657 r.). Bernard Kalicki (1838 – 1884), półtora wieku temu, omawiając dokument, napisał: „Traktat welawski był więc nie tylko niekorzystny, szkodliwy, ale był wprost rzeczą złą, dowodem wielkiej nieudolności i będzie na zawsze wstydem ówczesnej Polski. Trzeba zauważyć, iż traktat welawski „zwalniał (...) kurfirsta z lennictwa, czynił go samodzielnym panującym, budował fundamenty tej potęgi, która w spółce z drugą, stała się źródłem największych nieszczęść i upadku Polski”. ( B. Kalicki, Bogusław Radziwiłł 1620-1669. Wyd. „Napoleon V”, Oświęcim 2016, s. 45).
Ten nadzwyczaj niekorzystny dla naszego państwa układ był głównie wynikiem starań i wysiłków słynnego księcia Bogusława Radziwiłła, który w nagrodę za to „osiągnięcie” został mianowany przez Fryderyka Wilhelma „generalnym stathalterem pruskim”. Bogusław Radziwiłł zadbał, aby w tekście traktatu znalazły się punkty jednoznacznie odnoszące się do jego osoby i jego interesów majątkowych w Rzeczypospolitej. Jeden z nich zapewniał mu całkowitą amnestię – pomimo, że wspólnie z wrogami występował przeciwko Rzeczypospolitej – oraz, że „… ma być restytuowany w posiadanie ojczystych dóbr książęcych, jakoteż wszystkich dóbr z prawa słusznie mu przynależnych” (B. Kalicki, s. 52). O majątek upominał się, m.in. za pośrednictwem elektora, który miał argument w postaci traktatu welawskiego. Wobec niemożności odebrania dóbr w uzgodniony sposób, Bogusław „bezprawnie i gwałtem” przystąpił do ich przejmowania (m.in. Birże i Kiejdany; w Kiejdanach 20.10.1655 r. Janusz i Bogusław Radziwiłłowie podpisali układ z Karolem X Gustawem o podporządkowaniu Litwy Szwecji).
Kalicki w swojej pracy zwrócił uwagę na aspekt traktatu welawskiego, który zazwyczaj jest pomijany przez historyków. Chodzi o stosunek mieszkańców Prus Książęcych do traktatu, który wyjmował ich spod dosyć demokratycznego zwierzchnictwa Polski i oddawał pod jurysdykcję dyktatora, jakim był kurfirst Fryderyk Wilhelm, któremu król Jan Kazimierz przyznał w traktacie „władzę najwyższą i absolutną” (B. Kalicki, s. 82). Mieszkańcy Prus Książęcych, przynajmniej ci z licznych tu miast, wywodzili się głównie z niemieckiego mieszczaństwa, przyzwyczajonego od wieków do demokratycznych procedur, funkcjonujących wówczas w wybieralnych „stanach pruskich”. Podobnie sprawa się miała z właścicielami ziemskimi, potomkami niemieckiego (i nie tylko) rycerstwa. Ustrój panujący w Polsce, był dla nich gwarantem zachowania modelu wypracowanego wcześniej na terenie Prus Książęcych, w postaci systemu praw pruskich, ustanawianych przez lokalny sejm. Jedną z metod podporządkowania władzy absolutnej, było doprowadzenie do skłócenia mieszczaństwa ze szlachtą. Sejm pruski w 1661 r. stwierdził, że traktat welawski zawarty przez elektora, jest bezprawny, albowiem kurfirst nie ma prawa bez zezwolenia stanów zmieniać czegokolwiek w prawach i przywilejach kraju. Efektem postępującego ucisku i wyzysku było, m.in. wysłanie przez Królewiec do Warszawy poselstwo za skargami na okropny ucisk i dobitnym oświadczeniem, że nadal wolą zostawać raczej pod panowaniem diabła, niż elektora (B.Kalicki s. 87). Książę Bogusław Radziwiłł współdziałając elektorem doprowadził do zdławienia oporu; sejm pruski 1 maja 1663 r., całkowicie poddał się zwierzchniej władzy kurfirsta.
W okresie aż do końca II wojny światowej, Prusy Wschodnie były rolniczym zapleczem Niemiec oraz bazą militarną, czego symbolem może być wojenna kwatera Hitlera; stały się także silnym ośrodkiem niemieckiego nacjonalizmu. Niemal w 300-rocznicę założenia uniwersytetu, Królewiec został zbombardowany przez alianckie lotnictwo, a po ponad dwumiesięcznym oblężeniu, 9 kwietnia 1945 r. poddany Armii Czerwonej. Wojenne zniszczenia były gigantyczne. Do dnia dzisiejszego miasto, noszące rosyjską nazwę: Kaliningrad, jest przede wszystkim „niezatapialnym lotniskowcem” i rosyjskim przyczółkiem do ewentualnej wojny w Europie.
