Aresztowany w nocy z 22 na 23 marca 1943 roku przez gestapowców w mieszkaniu Bytnarów przy al. Niepodległości 159. Został odbity przez Grupy Szturmowe w akcji pod Arsenałem w piątek 26 marca 1943 podczas przewożenia po przesłuchaniu z siedziby Gestapo w al. Szucha na Pawiak. Torturowany i brutalnie bity podczas kolejnych przesłuchań przez Gestapo. W wyniku ciężkich i rozległych obrażeń zmarł 30 marca 1943 roku.
Jan Bytnar „Rudy” został w 1943 roku pośmiertnie mianowany harcmistrzem, porucznikiem i odznaczony Krzyżem Walecznych. Jest pochowany w kwaterze Batalionu „Zośka” na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie.
30 marca w imieniu samorządu Mokotowa złożono wiązankę kwiatów pod tablicą upamiętniającą Janka Bytnara „Rudego” przy al. Niepodległości 159.
