Początkowo administracja okupacyjna starała się w dosyć łagodny sposób sprawować władzę. Jednak już w dekrecie tworzącym Generalne Gubernatorstwo z 26 X 1939 Hans Frank zawiera swoje doktryny polityki wewnętrznej. Określenia o „awanturniczej polskiej warstwie intelektualnej” oraz „organicznych stosunkach sąsiedzkich” między Polakami a Niemcami, świadczą dobitnie o roli mordu na warstwie przywódczej w dominacji niemieckiej na ziemiach okupowanych.
Używając terminologii biblijnej, można stwierdzić, że był to mord założycielski. Dzięki niemu można było znacznie łatwiej prowadzić politykę wobec Polaków. Najwyższą władzą GG poza nadzorem führera Rzeszy był Urząd Generalnego Gubernataroa (Amt des Generalgouverneurs) wraz z gubernatorem. Później został on przekształcony w rząd GG. Bezpośrednio podlegali gubernatorowi również szefowie dystryktów oraz częściowo dowódcy SS i policji. Dodając do tego omawianą już „polską” administracje lokalną, widzimy jak duże, zakładając podległość pionową, możliwości wpływania na decyzje miał gubernator Frank i jego administracja. Należy tu wspomnieć o postawie najwyższych władz niemieckich, które tak jak Himmler zalecały ostrożność przed popadnięciem w zbiurokratyzowanie i działanie z perspektywy władzy, a nie administracji.
Tak więc, administracja GG stawała się nierzadko nie tylko organem wykonawczym, ale bardzo często działała przez ukazy i rozporządzenia, a także często przez bezprawne działania. Taki model prowadzenia polityki wewnętrznej i ludnościowej miał docelowo spowodować stworzenie warstwy urzędników – pionierów kolonizacji. Studium Akademii Prawa Niemieckiego tworzyło szczegółowe plany dotyczące akcji przesiedleńczych z ziem zaanektowanych do Generalnego Gubernatorstwa, mających być wykładnią przepisów dla urzędników kierujących tymi akcjami. Sam Frank określa w 1941 ustrój GG jako „rodzaj techniki zarządu kolonialnego stosowanej w kierowaniu obcymi ludami”.
Doktryny polityczne wobec ludności polskiej zaczynają oscylować wokół sprawy germanizacji ziem GG kosztem wygnania Polaków na wschodnie zdobycze Wermachtu. Pomimo rosnącej swobody a nawet samowoli administracji gubernatorstwa dążono usilnie do integracji z Rzeszą w celu inkorporacji. Z pewnością wpływ na to miała liczebność niemieckiego aparatu okupacyjnego, który czuł się osamotniony pośród morza Polaków i pragnął zainteresować dygnitarzy hitlerowskich jeszcze mocniej swoją sprawą. Niekorzystna dla kadry administracyjnej była też z pewnością bariera celna przez którą wysyłano do Rzeszy zagrabione mienie.
W trójstopniowym systemie podziału terytorialnego (dystrykt, powiat, gmina) namiestnik dystryktu miał przemożny wpływ na kierunki polityki wewnętrznej. Należy pamiętać, że poza ogólnymi wytycznymi polityki wobec Polaków istniała możliwość improwizacji – im brutalniejszej, tym chętniej widzianej w centralnych kręgach NSDAP. Pomiędzy zarządcami okręgów toczyła się swego rodzaju rywalizacja o splendory i pozycje wewnątrz partii. Administracja czasem też stawała wbrew zaleceniom z Berlina jak chociażby w konflikcie Franka z będącym pełnomocnikiem urzędu do spraw planu czteroletniego Göringiem – o ekonomikę Generalnego Gubernatorstwa.
Partia ponad wszystko
Partia i jej struktury odgrywały również znaczącą rolę w kształtowaniu polityki wymierzonej przeciwko Polakom w GG. Wszyscy wyżsi rangą dowódcy SS zyskali możliwość kształtowania razem z Gestapo nie tylko systemu politycznego i aparatu terroru, ale także sięgały po władzę sądowniczą poprzez specjalne potraktowanie i dążyły do jej wypaczenia w celu mordowania ludności polskiej. Chociaż właściwym celem administracji okupacyjnej była maksymalna eksploracja gospodarcza, to istniało zamierzone okrucieństwo prowadzące do biologicznego wyniszczania Polaków. Frank – nie mogąc zdobyć dla siebie pełni władzy w GG i popadając w trwały konflikt z Reichsfuhrerem SS Himmlerem – podał się nawet do dymisji nieprzyjętej przez Hitlera.
Zaostrzony został kurs prowadzący do eksterminacyjnej polityki, negującej zasady praworządności, wedle której Gestapo i SD miały prawo ingerować w kompetencje sądów. Natomiast sprawy z udziałem Polaków, Żydów i Rosjan miały być przekazane jurysdykcji policji. Akcja na Zamojszczyźnie z 1943 r. była przykładem roli administracji w sprawowaniu polityki ludnościowej. U urzędników można dostrzec wolę do sprzyjania politycznym prądom w doktrynie nazistowskiej. Gdy była taka potrzeba, bez mrugnięcia okiem potrafili podpisać kilkaset kart wywozu do Niemiec na roboty przymusowe lub do obozu koncentracyjnego. Jednocześnie, szczególnie administracja policyjna, staje się wraz z rozwojem sytuacji wymieniana na coraz bardziej brutalną i bezwzględną (gen. Kamiński!). Szowinizm narodowy i rasowy, bezkarność, sadyzm i chciwość znalazły w systemie administracji Generalnego Gubernatorstwa znakomite warunki, pozwalając na stworzenie aparatu żyjącego z grabieży i maltretowania podległej mu ludności. Członkowie SS i policji byli jednocześnie sędziami, urzędnikami i policjantami, a także członkami NSDAP, współtworząc jej politykę.
Stopniowo wraz z rozwojem politycznego planu następowało przeistoczenie państwa okupacyjnego w narodowosocjalistyczny eksperyment rasowy. Poddanie ludności polskiej szykanom i ograniczeniom w prawie cywilnym miało na celu dokonanie ich deportacji na kresy lub biologicznej eksterminacji poprzez system obozów koncentracyjnych i zagłady, więzień Gestapo, wyniszczającej pracy, a także poprzez łapanki i akcje odwetowe. W systemie karnym usankcjonowane zostały kary zbiorowe, np. pacyfikowanie wsi. Pierwsze takie zdarzenie miało miejsce od 31 marca do 11 kwietnia 1940. W odwecie za ataki oddziału partyzanckiego mjr Henryka Dobrzańskiego „Hubala” zamordowano 687 Polaków mieszkających na Kielecczyźnie.
Siedziba narodowa Polaków
Pomimo że Generalne Gubernatorstwo było „siedzibą narodową Polaków” nie rezygnowano z polityki traktowania ich jako podludzi. Dyrektywa nr 1306 obejmowała także ziemie GG. Gubernatorstwo stało się więc „rezerwatem podludzi”. Poddawanie Polaków szykanom oraz maltretowaniu w życiu codziennym miało też cele w propagandzie niemieckiej, opartej na założeniu o nieustannym zagrożeniu ze strony wrogów germańszczyzny.
Miało to doprowadzić do istnej psychozy w niemieckim społeczeństwie, ułatwiającej aparatowi partyjnemu rządzenie. Dystans prawny pomiędzy dwoma narodami ułatwiał takie zamierzenia. Powstały wydzielone dla Niemców tramwaje, teatry oraz kina. Polacy nie korzystali z niemieckich ubezpieczeń społecznych, jednocześnie posiadając mniejsze dochody i większe obciążenia fiskalne. Od 1941 roku obowiązywało specjalne prawo karne dla Żydów i Polaków, zakładające niezwykle surowe kary. W praktyce obowiązywało Sonderbehandlung, pozwalające niemieckim aparatom służb policyjnych i administracyjnych bezkarnie wydawać wyroki śmierci za samą możliwość popełnienia przestępstwa.
26 kwietnia Hitler w Reichstagu gwałtownie skrytykował sądownictwo w związku ze sprawą Schlitta. Zagroził usuwaniem ze stanowisk sędziów nie rozumiejących „wymogów chwili”.W dwa dni później w procesie o zniesławienie Niemca przez Polaka zapadł wyrok śmierci. Sądownictwo uzupełniały wyroki zsyłające do obozów koncentracyjnych na skutek „możności popełnienie przestępstwa”, czyli w przypadku braku dowodów winy. Na ulicach wielu miast odbywały się uliczne łapanki w celu pozyskania siły roboczej wywożonej do Rzeszy. Zlikwidowano również polski system szkolnictwa, wyłączając szkoły podstawowe i zawodowe.
Szczątkowy polski samorząd
Z drugiej jednak strony w Generalnym Gubernatorstwie działał szczątkowy polski samorząd. Okupacyjne władze doprowadziły do zmiany samorządu w jeden z organów administracji okupacyjnej czyli na organ wykonawczy. Polskich burmistrzów i wójtów mianowano według uznania szefa dystryktu. Istnienie naczelników miast stwarzało sytuacje, że polski burmistrz był tylko wykonawcą rozporządzeń niemieckiego naczelnika. W większych miastach były zarządy miejskie. Politycznym celem istnienia tego szczątkowego samorządu było odciążenie administracji Franka, a także pokazanie Polakom, że władza okupacyjna jest sprawowana w ich imieniu. Najszerszym zakresem kompetencyjnym cieszył się Zarząd Miejski Warszawy z Julianem Kulskim jako burmistrzem, dążył on do zahamowania grabieży polskiego mienia i sztuki, a także – w miarę możliwości – poprawy losu ludności stolicy.
Osiągnięto duży wpływ nawet na budżet warszawski, którego 2/3 przeznaczano na cele związane z opieką społeczną i zdrowiem publicznym. Ogólnie do zadań burmistrzów, wójtów i sołtysów należało lokowanie przybyłych wysiedleńców, podział kart żywnościowych, opieka społeczna i w ograniczonym przez wojsko zakresie, także opieka medyczna. Polnische Polizei, zwana policją granatową, posiadała prawo do noszenia broni oraz munduru, starano się jej używać w sprawach prewencji oraz w sprawach karnych, gdyż wykazywała niską wartość bojową w starciu z oddziałami polskiego podziemia. Jej geneza sięgała porozumienia kapitulacyjnego miasta Warszawy z 27 września 1939 roku. Policja została uznana przez stronę niemiecką za oficjalną władzę porządkową w mieście. Jednocześnie polscy policjanci posiadali ograniczone kompetencje wobec osób narodowości niemieckiej. Zgodnie z wolą polityczna Himmlera, wyrażoną w zarządzeniu z 5 maja 1940 roku, służba policyjna w GG miała być zadaniem Polskiej Policji. Liczba granatowych osiągnęła maksymalnie 10 tysięcy.
Administracja grabi
W ciekawy sposób system prawny objął lekarzy. Ze względu na duży ubytek medyków pochodzenia żydowskiego stali się oni bardzo pożądanym zawodem i deportowani z ziem zaanektowanych do Rzeszy szybko znajdowali pracę w GG. Natomiast inne wolne zawody oraz burżuazja i drobnomieszczaństwo były konsekwentnie poddawane szykanom, konfiskatom mienia i przymusowej wymianie nieruchomości. Powyżej 90 % przedwojennych polskich i żydowskich przedsiębiorców utraciło swoje firmy odbierane mocą decyzji administracji Franka.
Rozporządzeniem zmniejszono również emerytury i renty do kwoty 200 zł przy głodowej kwocie życia na poziomie 300-400 zł. Starano się równocześnie zapobiegać istnieniu czarnego rynku żywności między innymi przez obowiązkową rejestrację trzody chlewnej i kontrolę jej uboju. Obciążenia fiskalne Polaków w Generalnym Gubernatorstwie były znacząco wyższe od tych obowiązujących dla Niemców i przyczyniały się do paupeteryzacji ludności, która i tak miała w przyszłości stać się niewolnikami wielkiej Rzeszy Niemieckiej.
